【洪水灭世】
拥有形体的火神九离性情愈发乖张，平常不与其他上神来往，独自在天地之间游荡，大肆破坏，稍不顺心便有一场神火降临。虽说水克火，但是九离的神火是烛龙神的本心所化，世间根本没有敌手。九离反倒更喜欢将水灼成蒸汽，一股神火过去，就能将一座面积不小的湖泊的湖水烧尽，底部的湿土也都干裂，因此水族深受其害。
水神自知不敌火神，将火神的所作所为告与天地两位上神，恳求他们主持公道，令火神有所忌惮。太一和重华虽诞生最早，却也不敢轻易出手，重要的是谁也不想第一个出手。火神眼见天地二神不予理睬的放纵态度，愈发倨傲，专门火烧水族。
水神不堪其扰，眼看越来越多的臣民不远万里前来告状，忍无可忍之下终于与火神开战，以打击火神的嚣张气焰。
水火二神突然开战，众神来不及劝阻，更无法进入他们神力波及的范围，只能暗自庇佑自己的臣民远离战火。
水火二神的一战真是惊天地、泣鬼神，天昏地暗、鸟兽奔走，激战三天三夜，惊得日月不敢现形，繁星坠落。天地间时而通亮，那是九离得势，神火漫天；时而晦暗，那是冰夷的挣扎。尤其是在天地二神的冷眼旁观和其余众神的无可奈何之下，这一战打得如火如荼。还未分胜负，水神已经面色灰白，自顾不暇，活水润身，却也依旧无法愈合被神火灼伤的地方，堪堪躲过火神的一击，可九离的神力不慎波及水神身后百里之外的不周山，不周山轰然倒塌，天维绝，地柱折，日月星辰移焉，天河之水倾盆而下，洪水肆虐流洲，人间炼狱。
四大仙境的仙灵早在两位上神交战的那一刻，便举全族之灵力，将仙境与外界隔离，因此无所损伤，只是需要漫长的时间恢复灵力。
雷神震蒙在天河水下倾的那一刻，自九天抛下金葫芦将伏羲和女娲包裹在内，助他们躲过这一劫。众神也纷纷出手，天地二神追捕早已逃之夭夭的火神，通力合作才将之封印，水神疏导流水向东而去，汇入归墟，山神在其余众神的帮助下，幻化昆仑山以取代不周山，堵住了源源不断的天河水。历经数年，洪水终于平复，火神被封印，水神神力弱化，潜入深海修炼，山神也隐匿山间。上神一战，徒留满目疮痍。
【人类始祖】
伏羲和女娲在雷神的庇佑下存活，也逐渐长大成人。伏羲想与女娲成婚，繁衍后代，而女娲觉得两人身为兄妹，不能结合，但是耐不住伏羲的恳求，紫葡萄般的大眼珠滴溜溜一转，提出条件：“这样吧，妹妹我在前面跑，哥哥你在后面追，如果你能追到我，我就和你成婚”。女娲聪颖狡黠，机灵敏捷，绕着大树转圈，时不时指挥树上的猴子抛下蕉皮埋伏，把伏羲闪个趔趄，自己在一旁偷乐；或者在自己气力不足时直接让猴子把树上的果实向伏羲身上砸去，密集的攻击阻挡了伏羲的步伐。
伏羲不是受到围攻，就是跌入陷阱，追赶不上，灵光一闪，心生一计，他佯装继续追着女娲，趁其不备，突然转过身来，将女娲抱个满怀，女娲奋力挣扎也挣不开腰上的铁臂，树上的猴子也气得抓耳挠腮，吱啦啦乱叫。女娲心有不甘，粉拳锤着伏羲的胸口，嘟着嘴、红着脸答应了伏羲的求婚。
两人的婚礼收到了所有上神的祝福，天神遣巧手的织女赐予女娲凤冠霞帔，赐予伏羲爵弁玄端，作为大婚的礼服。地神遣冥将赐予两人冥界之花——幽灵草一株，白色的花瓣晶莹剔透，薄如蝉翼，蓝紫色的花蕊散发着丝丝寒意，有起死回生之效。山神遣桃树精装点山野，各色鲜花怒放，桃之夭夭，灼灼其华，粉色的、白色的花瓣纷纷扬扬，在空中起舞。风神遣百鸟献歌献舞，鸾凤和鸣，百灵婉转，上清之乐，廖亮清越，天地同庆同喜。水神赐予两人玄黄清露，盛之琉璃器，以飨众灵。雷泽二神作为上宾，主持婚礼，百鸟、百兽、百麟为宾客观礼，三界首次婚礼就在两人的共拜天地、众神和对拜中礼成。
礼成，两人走进庄严肃穆的神庙，跪在众神的金身塑像前低低诉说着“白首不分离”的誓言。夜已深，神庙一片漆黑，寂静无声，庙中两人，承接天令，阴阳相合，共赴巫山。
两人成婚后不久，女娲腹部鼓胀，足月之后诞下一个肉球，肉球刚出世便飞至空中，金光闪闪，大风刮过，四散落地，成为婴孩，口中喊着“爹爹”、“娘亲”，清脆的童声此起彼伏。天地之间正式成为人间。
【诸神黄昏】
转眼间，时光荏苒，一切都步入正轨，天地治下，人间繁华，海晏河清，白驹食场，鸣凤在竹。伏羲和女娲作为人祖，教化人类，供奉上神，功不可没。女娲从织女处学会养蚕缫丝，缝制衣裳；伏羲从遂明之城取来火种，烹饪食物、驱逐野兽，人类从此告别了茹毛饮血的时代。伏羲和女娲死后魂魄不入冥界，被太一真君恩赐成神，同时在人间享受子孙的供奉，而幽灵草被他们用来拯救了蟒口脱生的云。
洪水灭世后，天地之间凶禽猛兽水怪时常出没，为了人类的安全，风神、山神和水神都在约束着各自族群，直到人族有了自保能力。云骁勇善战，是部族的勇士，但是胸无城府，被一直嫉妒他的青算计，孤身面对巨蟒，云散尽一身力气终于打败巨蟒，自己却也伤痕累累。等到族人找到他时，他已经毫无生机。女娲和伏羲不忍心失去这样一个好孩子，于是决定用幽灵草救活云。云醒来之后，五感通达，体质增强，为部族立下汗马功劳，幽灵草的功效也随着他的血脉不断延续，荫庇后世。
千年之后的人间，生活在同一地域的具有相同血统的宗族、氏族聚集在一起形成部落，有各自的信仰、图腾、生活习俗和语言，部落的最高首领为酋长，部落还设有议事会共同商讨内部的发展事宜以及对外大事。部落分有贵族、平民和奴隶三个阶层，贵族主要是各氏族首领及其近亲属，对部落贡献极大的平民也可以升为贵族，贵族掌控着议事会；奴隶是来自其他部落的战利品，通过拍卖成为主人的附庸，奴隶地位低下，通常食不果腹，面黄肌瘦，为主人肆意驱使奴役。
流洲强大的部落不多，如渭水流域的有熊部落，以龙为图腾，以擅长涉猎扬名，尤其是酋长少典，堪称射中好手，箭无虚发。少典的小儿子轩辕氏更是继承了父亲的射术，年纪轻轻就颇有酋长的风范，性情仗义豪爽，深得民众尊敬。有熊部落的民众居于渭水河畔，背靠丛林，为天然屏障。
洛水流域的朱襄部落，以朱雀为图腾，擅长农耕，部落首领为魁隗氏，称号为炎帝。炎帝带领属下打造木制的耒耜，教育民众耕种、收获谷物，被民众尊为“神农氏”。炎帝还遍尝百草，分辨药物的属性告知民众。因此朱襄部落的粮食产量大幅提高，死亡率低，民众生活富庶，但也时常受到其他部落的侵扰。
长江流域的九黎部落擅长制造兵器，部落酋长为戎荒氏，称号为蚩尤，部落以牛为图腾，战士出征也要带上牛角头盔。除了常规的采集、狩猎，九黎部落经常外出征掠，抢占其他小型部落的土地和粮食，掳走平民作为奴隶，负责耕作等苦力活。九黎部落民风剽悍，用石头造城，固若金汤。
四大仙境的仙灵也都恢复灵力，继续过着无忧无虑的日子。
第39章 相逢
历经三天三夜，思绪却随着时间的步伐流转了千百万年，直到九微睁眼的那一刻，才回到正轨，意识清明，生气充沛，力量已经不可同日而语。这一次，从她接受传承的那一刻起，她已是神！
利落的从床上跳下来，九微看着眼前明媚张扬的俊朗男子，与自己想象中的母亲画面完全不同，而躺在玉床上面俊美的的男子却完全与玉衡城主府中挂满的画像丝毫不差，如果这是她的父亲宁墨，那坐在一旁、让九微不自觉被他的气息吸引的男人又是谁？一时之间，正想开口的九微瞬间失声，有些不敢确定，多番纠结之下，九微试探着叫了一声：“父亲。”
九离知道女儿的症结所在，但没有先做解释，只是说道：“先向你爹爹行礼。”