黄河河水泛滥，把无数的鱼儿冲上了岸，也把沿岸很多的百姓拉下了河。劫后余生的人们都轻车向东，谋寻生路。次年春，彗星再现，光芒竟天。己酉日，秦王赢政刀剑在佩，举行加冠典礼，自此无需仲父文信侯吕不韦协助，秦王独立处理朝政。
不久，秦国再下魏国的垣和蒲阳两城，本该一路乘胜，秦国国内突发叛乱，只得暂时退兵。到底发生了什么事？原来秦王加冠不出半月，就有人告发宦官长信侯根本就不是真正的宦人，说他常与太后私通，如今已经生下了两个儿子。事情败露，嫪毐跟太后密谋反政，秦王若是死了，他们的儿子可继位。嫪毐拿着太后玉玺跟假造的秦王御玺调动山阳县士卒及卫卒、官骑、戎翟君公、舍人，欲攻蕲年宫发动叛乱。秦王得知，令相国昌平君、昌文君发兵攻打嫪毐，区区县邑不到千人的队伍，如何能敌得过咸阳大军，几乎不费吹灰之力，数百叛军被杀，叛乱被平定。平叛的功臣都升拜了爵位，参战的宦官们也得以加官晋爵。嫪毐败走，秦王在国中下令通缉：活捉嫪毐者，赐钱百万；杀嫪毐，赐五十万。重赏之下必有勇夫，嫪毐一干人等很快就在好畤被捕获：卫尉竭、内史肆、佐弋竭、中大夫令齐等二十人皆被车裂，枭首示众，灭宗亲。至于他们的舍人，轻者被罚做鬼薪，从事官府劳役三年。重者被剥夺爵位，四千馀家被流放到蜀地，安置到千里不见人烟的房陵县。
太后跟嫪毐的丑事，宫中无人不知无人不晓，秦王又怎么会不知道，只是之前文信侯一直以仲父的身份掌管国事，所以，他一直等到加冠礼完毕，拿回文信侯手上的兵权后，才决定处理。秦王心里很清楚，嫪毐本是文信侯的门客，缘何又会进宫做了宦人？他自小见文信侯经常出入母后的宫殿，还听人在背地里说他是文信侯吕不韦的儿子，他自始至终都不会相信，更不会承认，所以当文信侯把嫪毐送到母后那里的时候，他心想那样也好，至少不会再有太后跟文信侯私通的谣言，所以他只是睁一只眼闭一只眼，任其所为。母后去雍城，嫪毐也跟着住在那里，听说宫室、车马、衣服、苑囿、驰猎场等，任嫪毐使用，事无小大也皆由他做主。一个宦人，家僮竟达数千人，门客也有一千余人。去年的时候，太后请求册封嫪毐为长信侯，不仅把山阳地区赐予嫪毐作为封地，还把河西太原郡更名为毐国，可见太后对其宠爱至深。秦王以为嫪毐只是母后的男宠，没想到四月的时候他去雍城祭天，竟然发现他不知什么时候，无端多出了两个王弟！事关太后声誉，秦王本想秘密解决，可是那嫪毐太不知天高地厚，权欲熏心，蓄意谋反。
彗星再现，由西到北，又由北至南，共持续了整整八十天。上天频繁地出现异象，连天气也变得离奇，过了春分还突转寒冻，四月了竟然还有人被冻死。
按说秦国内乱，对诸侯各国是绝佳的机会。然而精明的秦王又怎会毫无防备，即使王权受到威胁，秦王依然冷静。为防止六国乘秦国内乱生事，秦王一边处理内患，一边让杨端和率军攻打魏国的衍氏，恰逢韩王薨，本就各怀心思的六国，在如此状况下，更是无法团结一致，合纵抗秦，错失良机。
翌年十月，相国吕不韦因嫪毐之乱连坐被免除相位，回到他的封地河南。
嫪毐已死，他的那两个孩子自然也不能留于人世。秦王虽然恨太后与嫪毐合谋篡政，可毕竟是生母，是以对外宣称所有一切乃嫪毐一人所为，太后并不知情，但还是把她迁到了雍城萯阳宫，从此不再相见,并且下令群臣：“胆敢为太后之事进谏者，戮而杀之，断其四肢，堆积于城阙之下！”即便如此，还是有不畏死的，前前后后为太后进谏而死的达二十七人，残肢断臂堆成了一座小山。有一个叫茅焦的齐国人也上谒请谏，秦王使者劝他说你难道没见到前面二十七人的下场？茅焦答说天上有青龙、白虎、玄武、朱雀二十八星宿，如今死者二十七人，他特来把数填满。秦王大怒，按剑坐等茅焦进谏。茅焦进了大殿，对着秦王一番怒斥，骂秦王为人狂悖，车裂继父，狼扑二个亲弟弟，流放囚禁母亲，还残暴杀戮进谏的谏士；夏桀、商纣都不至于此！天下诸侯闻之，还有谁响应跟随秦国？说完便解衣伏到锧上，准备受死。没想到秦王听了，竟然没有生气，反而走下去亲手扶起茅焦，接受进谏，还授予茅焦上卿的爵位。择日把太后迎回咸阳甘泉宫，母子总算和好如初。
后宫闹剧收场，宗室大臣有人提议，那些从其他诸侯各国来秦为官的，都为旧主游说的间谍，建议全部逐出。吕不韦被罢相，他的门客李斯受秦王重用，而李斯是从楚国来的客卿，自然归列在秦国宗亲驱逐的名单中。他向秦王上书分析利弊，列举四位先王，都是依靠客卿建功立业，比如：昔日秦穆公向天下广求贤士，向西由西戎取得了由余，向东于宛地得到了百里奚，从宋过迎来了蹇叔，又从晋国请来丕豹、公孙支于晋，他们原本都不是秦人，却帮助秦国吞并二十国，遂而称霸西戎。孝公用商鞅之法，令诸侯亲服，至今强大。惠王用张仪之计，拆散六国合纵。 昭王得范睢，加强王权。由此可见，客卿没有什么对不住秦国？李斯又以美女、音乐、珠宝、玉器作为比喻，这些也并非出产于秦国本土，秦王一样取用。不问可否，不论曲直，不是秦国人就要被驱逐，这是重色、乐、珠、玉，而轻人。再列举泰山不拒让土壤，才能成就它的高大；河海不舍弃细流，才能成就其深遂；王者不嫌弃庶众，方能彰显其明德；这就是三王五帝之所以无可匹敌的原因。秦国此举，是逼着百姓去帮助敌国，拒绝宾客让他们去成就诸侯大业，无异于借武器给敌寇，送粮食给盗贼。秦王深知李斯说的有理，废除了逐客令，自此重用他国客卿，更加重用李斯。
秦国内乱，又花了不少时间在逐客令上，一时间放缓了对外侵伐的脚步。赵王瞅准时机，出兵攻打燕国，拿下了易水沿岸的又一城：狸阳。然而，兵未罢归，秦王令王翦、桓齮、杨端和攻赵：王翦经由上党进攻阏与、橑杨，秦军数路合成一军，由王翦统一指挥，十八天无法攻城，只能撤军。回去后，军中俸禄在斗食以下的，十人中推选二人，跟随主将桓齮
攻打邺、安阳。秦攻赵，不经上党，则需取道河内，背向邺、朝歌，横渡漳水、滏水，与赵军在邯郸外决战，是重演知伯在晋阳的灾难。所以，进攻邯郸，必先取得离邯郸百里之内的邺城。然而，相比魏军，赵军虽然顽强得多，但王翦、桓齮、杨端和三名大将联合，十几万兵马强攻，还是拿下了邺邑九座城池。失去了邺，邯郸受迫，赵王一急之下薨了，谥号悼襄王。太子赵迁继位后，开始大力修建柏人城，以做将来的退路。
文信侯曾经非常羡慕其他中原各国都有礼贤下士，宾客盈门的君子，如魏国有信陵君，楚国有春申君，赵国有平原君，齐国有孟尝君，就连韩国也有韩非那般的贤人。想他秦国强盛如此，却没有一人像他们那样，不免觉得羞愧，于是决定自己做秦国的君子贤士，不学那四君子，他吕不韦不做则已，要做就定要做得比任何人都好。所以也招揽文人学士三千人，像韩非的老师荀卿那般著书立说，遍布天下。他让他的门客们将所见所闻记下，汇集编排成为八览、六论、十二纪，总计二十馀万言，自认囊括了天地万物，古往今来之事，号曰《吕氏春秋》。还将之刊布在咸阳城门上，布告悬赏：遍邀诸侯游士宾客，有能为《吕氏春秋》增删一字者，赏千金。一时间，文信侯 “一字千金”的事儿传遍中原，无数文人学士慕名来投。如今，文信侯虽然被免去了国相之位，回到河南封地，可是去拜访他的诸侯宾客使者依然络绎不绝，秦王担心文信侯谋变叛乱，于是赐书与文信侯，道：“君何功於秦？秦封君河南，食邑十万户。君何亲於秦？号称仲父。其与家属徙处蜀！” 吕不韦意识到危险，恐怕连累家族受诛杀，便饮下一杯鸠酒，自杀了。吕不韦戴罪之臣，死后自然不能大肆操办，他的门客们只好偷偷办个丧礼，简简单单把他葬了。秦王恨吕不韦至深，人死了还不能解气。于是下令：吕不韦的门客里，有去临丧的，如果是三晋的人就驱逐出秦；如果是秦国人，六百石以上的剥夺爵位，迁往蜀地。五百石以下而没有临丧的，无需夺爵，但依然要被牵去蜀地。而且昭告群臣，自今往后，如嫪毐和吕不韦一般不遵循正道操持国事的，取消全家户籍，发配为奴。以此为戒！当是之时，天下大旱，自六月起，没下过一滴雨。诸侯各国都在社稷山川祭天祈雨，到八月，终于迎来了第一场雨。为感天恩，各国大赦罪犯，秦王允许当初被徙居到蜀地去的嫪毐的门客们迁回，至于为何只赦免嫪毐的门客，大概只有秦王自己知晓。